由于不同植物殘體原料和發(fā)酵條件的變化，各種微生物數量也在不斷發(fā)生變化，所以植物殘體發(fā)酵過(guò)程沒(méi)有仟何微生物始終占據主導地位，每一個(gè)環(huán)境都有其特定的微生物種群。

　　1、細菌在好氧發(fā)酵過(guò)程中，存在著(zhù)大量的細菌。細菌憑借大的比表面，可以快速吸收植物殘體中可溶性物質(zhì)，使其快速增長(cháng)。發(fā)酵初期，溫度較低，主要以嗜溫細菌為主，隨著(zhù)發(fā)酵堆溫度的提高，嗜溫細菌逐漸減少，一些芽孢桿菌成為細菌的主體，在降溫階段，嗜溫細菌的數量有所回升。

　　2、放線(xiàn)菌放線(xiàn)菌是多細胞菌絲的細菌，可以分解纖維素、半纖維素、木質(zhì)素等。它們沒(méi)有真菌分解纖維素、半纖維素、木質(zhì)素的能力強，但比真菌更能耐高溫和高pH，因此在發(fā)酵的高溫期是降解纖維素、半纖維素、木質(zhì)素的優(yōu)勢菌群。

　　3、真菌真菌對植物殘體的發(fā)酵腐熟具有重要意義，嗜溫性真菌地霉菌和嗜熱性真菌煙曲霉是發(fā)酵過(guò)程的優(yōu)勢菌群。溫度是影響真菌生長(cháng)的重要因素之一，絕大部分真菌是嗜溫真菌，在5～37℃的環(huán)境中存在，當溫度升到64℃時(shí)，幾乎所有真菌都消失。